Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Penyeberangan Danau Toba mempunyai tugas melaksanakan pengendalian, pengawasan, penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan kegiatan angkutan penyeberangan di Danau Toba, menyelenggarakan kegiatan penyeberangan di Danau Toba yang belum diselenggarakan secara komersil atau belum diselenggarakan oleh Pemerintah Daerah, serta berkoordinasi dengan Pemerintah Daerah dan instansi lain terkait dengan penyelenggaraan angkutan penyeberangan di Danau Toba.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Penyeberangan Danau Toba menyelenggarakan fungsi:

a. pelaksanaan pengawasan dan pemenuhan kelaiklautan kapal, sertifikasi keselamatan kapal, pencegahan pencemaran dari kapal dan penetapan status hukum kapal;

b. pelaksanaan pemeriksaan manajemen keselamatan kapal;

c. pelaksanaan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kegiatan bongkar muat barang berbahaya, barang khusus, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pengisian bahan bakar, ketertiban embarkasi dan debarkasi penumpang, pembangunan fasilitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi, laik layar dan kepelautan, tertib lalu lintas kapal di perairan pelabuhan dan alur pelayaran, pemanduan dan penundaan kapal, serta penerbitan Surat Persetujuan Berlayar;

d. pelaksanaan pemeriksaan kecelakaan kapal, pencegahan dan pemadaman kebakaran di perairan pelabuhan penyeberangan, penanganan musibah di danau, pelaksanaan perlindungan lingkungan maritim dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran;

e. pelaksanaan koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran;

f. pelaksanaan penyusunan Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan pelabuhan penyeberangan, serta pengawasan penggunaannya;

g. pelaksanaan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan, pemeliharaan kolam pelabuhan, alur pelayaran dan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran;

h. pelaksanaan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan, keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan;

i. pelaksanaan pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal, penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan serta pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan;

j. penyiapan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan; dan

k. pelaksanaan urusan keuangan, kepegawaian dan umum, hukum dan hubungan masyarakat serta pelaporan