Direktorat Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan adalah unit kerja setingkat eselon II yang dipimpin oleh Direktur dan bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal Perhubungan Darat.
Direktorat Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar,
prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang transportasi sungai, danau dan penyeberangan
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 190, Direktorat Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan menyelenggarakan fungsi:
a. penyiapan perumusan kebijakan di bidang sarana, prasarana, lalu lintas, angkutan, dan pengawasan operasional sungai, danau, dan penyeberangan;
b. penyiapan pelaksanaan kebijakan di bidang sarana, prasarana, lalu lintas, angkutan, dan pengawasan operasional sungai, danau, dan penyeberangan;
c. penyiapan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang sarana, prasarana, lalu lintas, angkutan, dan pengawasan operasional sungai, danau, dan penyeberangan;
d. penyiapan pelaksanaan pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang sarana, prasarana, lalu lintas, angkutan, dan pengawasan operasional sungai, danau, dan penyeberangan;
e. penyiapan evaluasi dan pelaporan di bidang sarana, prasarana, lalu lintas, angkutan, dan pengawasan operasional sungai, danau, dan penyeberangan; dan
f. penyiapan pelaksanaan urusan tata usaha, keuangan, sumber daya manusia, pengelolaan data dan teknologi informasi, dan rumah tangga Direktorat