Subdirektorat Angkutan Sungai, Danau, dan Penyeberangan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang angkutan sungai, danau, dan penyeberangan.

Subdirektorat Angkutan Sungai, Danau, dan Penyeberangan menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan kebijakan di bidang jaringan, standar pelayanan, tarif, kriteria keperintisan, pelayanan subsidi keperintisan, persetujuan operasi, pengelolaan data dan informasi, pengelolaan sistem informasi manajemen jaringan, kompetensi sumber daya manusia bidang jaringan dan kompetensi teknis petugas pemeriksa standar pelayanan minimal angkutan sungai, danau, dan penyeberangan;
2. penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan di bidang jaringan, standar pelayanan, tarif, kriteria keperintisan, pelayanan subsidi keperintisan, persetujuan operasi, pengelolaan data dan informasi, pengelolaan sistem informasi manajemen jaringan, kompetensi sumber daya manusia bidang jaringan dan kompetensi teknis petugas pemeriksa standar pelayanan minimal angkutan sungai, danau, dan penyeberangan;
3. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang jaringan, standar pelayanan, tarif, kriteria keperintisan, pelayanan subsidi keperintisan, persetujuan operasi, pengelolaan data dan informasi, pengelolaan sistem informasi manajemen jaringan, kompetensi sumber daya manusia bidang jaringan dan kompetensi teknis petugas pemeriksa standar pelayanan minimal angkutan sungai, danau, dan penyeberangan;
4. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang jaringan, standar pelayanan, tarif, kriteria keperintisan, pelayanan subsidi keperintisan, persetujuan operasi, pengelolaan data dan informasi, pengelolaan sistem informasi manajemen jaringan, kompetensi sumber daya manusia bidang jaringan dan kompetensi teknis petugas pemeriksa standar pelayanan minimal angkutan sungai, danau, dan penyeberangan; dan
5. penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan di bidang jaringan, standar pelayanan, tarif, kriteria keperintisan, pelayanan subsidi keperintisan, persetujuan operasi, pengelolaan data dan informasi, pengelolaan sistem informasi manajemen jaringan, kompetensi sumber daya manusia bidang jaringan dan kompetensi teknis petugas pemeriksa standar pelayanan minimal angkutan sungai, danau, dan penyeberangan.