Subdirektorat Prasarana Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang prasarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan.

Subdirektorat Prasarana Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan kebijakan di bidang pengembangan pelabuhan, rancang bangun fasilitas pelabuhan, pelayanan jasa dan usaha pelabuhan, tarif jasa pelabuhan, penyelenggaraan, pemeliharaan, perawatan dan perbaikan, penetapan lokasi, sertifikasi, bantuan teknis pembangunan dan rehabilitasi, pencegahan pencemaran, pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana, pengelolaan data, serta kompetensi sumber daya manusia bidang pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan;
2. penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan di bidang pengembangan pelabuhan, rancang bangun fasilitas pelabuhan, pelayanan jasa dan usaha pelabuhan, tarif jasa pelabuhan, penyelenggaraan, pemeliharaan, perawatan dan perbaikan, penetapan lokasi, sertifikasi, bantuan teknis pembangunan dan rehabilitasi, pencegahan pencemaran, pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana, pengelolaan data, serta kompetensi sumber daya manusia bidang pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan;
3. penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang pengembangan pelabuhan, rancang bangun fasilitas pelabuhan, pelayanan jasa dan usaha pelabuhan, tarif jasa pelabuhan, penyelenggaraan, pemeliharaan, perawatan dan perbaikan, penetapan lokasi, sertifikasi, bantuan teknis pembangunan dan rehabilitasi, pencegahan pencemaran, pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana, pengelolaan data, serta kompetensi sumber daya manusia bidang pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan;
4. penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang pengembangan pelabuhan, rancang bangun fasilitas pelabuhan, pelayanan jasa dan usaha pelabuhan, tarif jasa pelabuhan, penyelenggaraan, pemeliharaan, perawatan dan perbaikan, penetapan lokasi, sertifikasi, bantuan teknis pembangunan dan rehabilitasi, pencegahan pencemaran, pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana, pengelolaan data, serta kompetensi sumber daya manusia bidang pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan; dan
5. penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan di bidang pengembangan pelabuhan, rancang bangun fasilitas pelabuhan, pelayanan jasa dan usaha pelabuhan, tarif jasa pelabuhan, penyelenggaraan, pemeliharaan, perawatan dan perbaikan, penetapan lokasi, sertifikasi, bantuan teknis pembangunan dan rehabilitasi, pencegahan pencemaran, pelaksanaan penanggulangan darurat akibat bencana, pengelolaan data, serta kompetensi sumber daya manusia bidang pelabuhan sungai, danau, dan penyeberangan.