Subdirektorat Sarana Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan, normal, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang sarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan.

Subdirektorat Sarana Transportasi Sungai, Danau, dan Penyeberangan menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan perumusan kebijakan di bidang rancang bangun sarana, pengukuran kapal, status hukum kapal, pemeriksaan garis muat dan keselamatan sarana, perawatan sarana, penutuhan sarana, pencegahan pencemaran, bantuan teknis pembangunan dan pengadaan sarana, kompetensi dan sertifikasi kepelautan serta pengawakan sarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan;
2. penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan di bidang rancang bangun sarana, pengukuran kapal, status hukum kapal, pemeriksaan garis muat dan keselamatan sarana, perawatan sarana, penutuhan sarana, pencegahan pencemaran, bantuan teknis pembangunan dan pengadaan sarana, kompetensi dan sertifikasi kepelautan serta pengawakan sarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan;
3. penyiapan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang rancang bangun sarana, pengukuran kapal, status hukum kapal, pemeriksaan garis muat dan keselamatan sarana, perawatan sarana, penutuhan sarana, pencegahan pencemaran, bantuan teknis pembangunan dan pengadaan sarana, kompetensi dan sertifikasi kepelautan serta pengawakan sarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan;
4. penyiapan bahan pelaksanaan pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang rancang bangun sarana, pengukuran kapal, status hukum kapal, pemeriksaan garis muat dan keselamatan sarana, perawatan sarana, penutuhan sarana, pencegahan pencemaran, bantuan teknis pembangunan dan pengadaan sarana, kompetensi dan sertifikasi kepelautan serta pengawakan sarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan; dan
5. penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan di bidang rancang bangun sarana, pengukuran kapal, status hukum kapal, pemeriksaan garis muat dan keselamatan sarana, perawatan sarana, penutuhan sarana, pencegahan pencemaran, bantuan teknis pembangunan dan pengadaan sarana, kompetensi dan sertifikasi kepelautan serta pengawakan sarana transportasi sungai, danau, dan penyeberangan.