Transportasi dari Padang menuju Pulau Siberut dilayani oleh 2 kapal yakni Kapal ASDP KMP Ambu-Ambu yang berangkat dari Bungus setiap hari Senin dan Kamis dengan waktu tempuh 10-11 jam dan MV. Mentawai Fast yang berangkat dari Muara Padang setiap hari Selasa, Kamis dan Sabtu dengan waktu tempuh 3,5 jam. Ada 2 pelabuhan yang biasanya dikunjungi oleh kapal dagang dan penumpang yaitu Pelabuhan Pokai di Desa Sikabaluan Kecamatan Siberut Utara dan Pelabuhan Maileppet di Desa Maileppet Kecamatan Siberut Selatan. Di Pulau Siberut transportasi dapat menggunakan Longboat, sampan, kendaraan roda dua dan mobil yang masih sangat terbatas. Pintu masuk ke Taman Nasional Siberut ada di 2 tempat; (1). Muara Sikabaluan dan (2). Maileppet

Untuk menuju pantai barat (Betaet) Desa Simalegi Kecamatan Siberut Barat dari pantai timur (Pelabuhan Pokai Desa Sikabaluan) dapat menggunakan kapal angkutan umum antar pulau (KLM Nade-220) yang merupakan kapal milik pemerintah Kabupaten Kepulauan Mentawai. Kapal ini melayani rute Siberut Barat yang meliputi Desa Sigapokna, Desa Simalegi dan Desa Simatalu (Pulang-Pergi) Kapal ini dijadwalkan berangkat setiap hari Selasa jam 24.00 WIB. Harga tiket Rp. 50.000 per orang dan sudah termasuk biaya penurunan penumpang dari kapal ke tepi pantai dengan boat. Lama perjalanan dengan kapal ini ± 5-6 jam. Bagi masyarakat yang menuju Desa Simatalu dapat juga menggunakan jasa ojek dengan biaya sesuai dengan jarak tempuh. Namun jadwal kapal ini sering berubah-ubah disebabkan alasan cuaca. Di pelabuhan Pokai juga terdapat alternatif transportasi menuju pantai barat dengan menggunakan Longboat (waktu tempuh ± 3 jam). Menggunakan Longboat menuju pantai barat biaya sangat besar jika dibandingkan dengan naik kapal antar pulau.