Wilayah Kerja Pelabuhan Penyeberangan Waiwerang/Deri/Adonara terletak di Kabupaten Flores Timur dan juga dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Flores Timur. Pelabuhan Penyeberangan Waiwerang/Deri/Adonara terdiri dari 1 dermaga yang memiliki sistem bongkar muat plengsengan, dan juga memiliki tipe dermaga dolphin yang terdiri dari 3 breasting dolphin dan 2 mooring dolphin. Pelabuhan Penyeberangan Waiwerang/Deri/Adonara memiliki fasilitas darat berupa gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan parkir kendaraan, rumag genset, rumah dinas, gerbang pelabuhan dan pos jaga. Pelabuhan Penyeberangan Waiwerang/Deri/Adonara telah dilakukan rehabilitasi pada beberapa fasilitas darat dengan menggunakan Dana Alokasi Khusus TA 2021-2022.