Wilayah Kerja Pelabuhan Penyeberangan Waikelo terletak di Kabupaten Sumba Barat Daya. Fasilitas laut pada Pelabuhan Penyeberangan Waikelo terdiri dari 1 unit dermaga dengan sistem bongkar muat moveable bridge, memiliki trestle 24 meter dan panjang dermaga 48 meter, tipe dermaga dolphin dengan jumlah breasting dolphin 3 unit dan mooring dolphin 2 unit. Pelabuhan Penyeberangan Waikelo memiliki break water kubus beton sisi barat 90 meter, break water pancang sisi barat 60 meter, dan break water timur 40 meter. Pelabuhan Penyeberangan Waikelo tidak beroperasi, dengan kondisi fasilitas pelabuhan baik darat maupun laut dalam keadaan rusak berat. Aset sedang dalam proses penyerahan kepada Ditjen Laut.