Wilayah Kerja Pelabuhan Penyeberangan Waijarang/Lewoleba terletak di Kabupaten Lembata dan dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Lembata. Pelabuhan Penyeberangan Waijarang/Lewoleba terdiri dari 1 dermaga yang memiliki sistem bongkar muat plengsengan, dengan tipe dermaga dolphin yang terdiri dari 3 breasting dolphin dan 2 mooring dolphin. Pelabuhan Penyeberangan Waijarang/Lewoleba memiliki fasilitas darat yang terdiri dari gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan parkir kendaran, rumah genset, rumah dinas, gerbang pelabuhan dan pos jaga. Pelabuhan Penyeberangan Waijarang/Lewoleba dalam kondisi rusak pada beberapa fasilitasnya, namun tetap dilakukan operasional. Pada tahun 2023, Pemerintahan Kabupaten Lembata melakukan rehabilitasi dengan menggunakan DAK TA 2022-2023.