Wilayah Kerja Pelabuhan Penyeberangan Pemana terletak di Kabupaten Sikka. Pelabuhan Penyeberangan Pemana memiliki 1 dermaga dengan sistem bongkar muat moveable brdige serta memiliki tipe dolphin yang terdiri dari 3 breasting dolphin dan 2 mooring dolphin. Fasilitas darat di Pelabuhan Penyberangan Pemana terdiri dari gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan parkir kendaraan, rumah dinas, rumah genset, gerbang pelabuhan dan pos jaga. Tahun Pemangunan Pelabuhan Penyeberangan Pemana yaitu pada tahun 2013 - 2015 yang dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Sikka.