Berlokasi di Kabupaten Rote, memiliki 1 unit dermaga dengan sistem bongkar muat moveable bridge, panjang dermaga 70 meter, tipe dermaga merupakan dolphin (3 unit breasting & 3 unit mooring). Beberapa fasilitas yang disediakan Pelabuhan Penyeberangan Ndao adalah Gedung Terminal, Lapangan Parkir, Rumah Dinas, Gerbang Pelabuhan dan Pos Jaga. Dibangun dari tahun 2012 hinggan tahun 2014 dan dikelola oleh Pemda Dinas Perhubungan Kabupaten Rote Ndao.