Wilayah Kerja Pelabuhan Penyeberangan Baranusa terletak di Kabupaten Alor. Pelabuhan Penyeberangan Baranusa memiliki 1 dermaga dengan sistem bongkar muat plengsengan, yang dimana dermaga tersebut memiliki tipe dolphin terdiri dari 3 breasting dolphin dan 2 mooring dolphin. Pelabuhan Penyeberangan Baranusa memiliki fasilitas darat yang terdiri dari gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan parkir kendaraan, gerbang pelabuhan dan pos jaga, rumah genset, dan rumah dinas. Pelabuhan Penyeberangan Baranusa dalam kondisi rusak baik fasilitas darat maupun lautnya. Pemerinatah Kabupaten Alor menolak menerima hibah pelabuhan.