Satuan Pelayanan Pelabuhan Penyeberangan Waingapu terletak di Kabupaten Sumba Timur. Pelabuhan Penyeberangan Waingapu terdiri dari 1 dermaga dengan sistem bongkar muat moveable bridge, dimana dermaga tersebut bertipe dolphin yang terdiri dari 3 breasting dolphin dan 2 mooring dolphin. Fasilitas darat di Pelabuhan Penyeberangan Waingapu antara lain terdiri dari gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan parkir kendaraan, rumah dinas, kantin, rumah genset, gerbang pelabuhan dan pos jaga. Tahun pembangunan Pelabuhan Penyeberangan Waingapi yaitu pada tahun 1997 - 2003 yang dikelola oleh Pemerintah Kabupaten Sumba Timur.