Satuan Pelayanan Pelabuhan Penyeberangan Seba terletak di Kabupaten Sabu. Pelabuhan Penyeberangan Seba memiliki 1 dermaga dengan sistem bongkar muat yaitu moveable bridge. Dermaga tersebut memiliki panjang 50 meter dan memiliki tipe Dolphin, yang terdiri dari 3 breasting dolphin dan 2 mooring dolphin. Pelabuhan Penyeberangan memiliki fasilitas darat yang terdiri dari gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan parkir kendaraan, rumah dinas, rumah genset, dan gerbang pelabuhan.