Satuan Pelayanan Pelabuhan Penyeberangan Larantuka/Waibalun terletak di Kabupaten Flores Timur yang memiliki 1 unit dermaga dengan sistem bongkar muat moveable bridge. Pelabuhan Penyeberangan Larantuka/Waibalun memiliki trestle dengan ukuran 62 x 7 meter, dengan tipe dermaga dolphin yang terdiri dari 3 breasting dolphin dan 3 mooring dolphin. Pelabuhan Penyeberangan Larantuka/Waibalun memiliki fasilitas darat yang terdiri dari gedung terminal dan kantor pengelola, lapangan pakir, pos jaga, rumah dinas, dan kantin. Pelabuhan Penyeberangan Larantuka/Waibalun memiliki kapasitas dermaga 1000 GT dan dikelola PT. ASDP Indonesia Ferry (Persero).